Beim Biotopschutz stehen die Lebensgemeinschaften und Lebensräume der einzelnen Arten im Zentrum der Bemühungen. Von besonderer Bedeutung für den Naturschutz sind sowohl die naturnahen Biotope als Relikte der ursprünglichen Naturlandschaft (Wattenmeer, Hochmoore, Seen, Flüsse, Wälder, Felsen usw.), als auch die typischen Elemente der extensiv genutzten Kulturlandschaft wie Heiden, Magerrasen, Feuchtwiesen, Wallhecken.

Seit 1977 führt die Fachbehörde für Naturschutz die landesweite "Erfassung der für den Naturschutz wertvollen Bereiche" (selektive Biotopkartierung) durch. Die Biotopkartierung ist Voraussetzung, um den Bestand an landesweit schutzwürdigen Biotoptypen in Niedersachsen zu kennen.

Neben gefährdeten Biotoptypen umfasst der Biotopschutz auch Flächen, die eine landesweite Bedeutung für bestimmte Tierarten bzw. -gruppen haben.  Um für bestimmte Flächen den Naturschutzwert zu erhalten bzw. zu verbessern, ist hier eine gezielte Biotopflege und -entwicklung notwendig.

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