Wasser ist die Grundlage allen Lebens. Neben seiner generellen ökologischen Bedeutung dient Wasser den unterschiedlichen Nutzungen, insbesondere der Versorgung zu Trink- und Gebrauchszwecken. Der Schutz des Grundwassers und der Gewässer als wichtiger Bestandteil des Naturhaushaltes ist für die Gesundheit der Bevölkerung, zum Erhalt der natürlichen Lebensgrundlagen und als Voraussetzung für wirtschaftliche Entwicklung unverzichtbar. Ziel einer modernen Wasserwirtschaft ist daher die nachhaltige Erhaltung und Pflege des Grundwassers und der Oberflächengewässer.
Grundwasser ist im Boden vor Jahrzehnten versickertes Niederschlagswasser, das sich an Wasser undurchlässigen Schichten ansammelt und normalerweise hygienisch einwandfrei ist. Das Grundwasser in Niedersachsen ist überwiegend von so guter Qualität, dass es größtenteils ohne aufwendige Aufbereitung als Trinkwasser genutzt werden kann. Unser Grundwasser ist aber auch zahlreichen Gefährdungen ausgesetzt, z.B. durch Versiegelung des Bodens bei Bebauungen, Grundwassrabsenkungen und durch Chemikalien wie Dünge- oder Pflanzenschutzmittel. Niedersachsen legt daher großen Wert auf die Entwicklung und Unterstützung einer Grundwasser schonenden Landwirtschaft.
Die Oberflächengewässer haben in Niedersachsen mittlerweile überwiegend die Güteklasse II erreicht, sind also nur noch mäßig belastet. Die großen Anstrengungen, die in den vergangenen Jahrzehnten beim flächendeckenden Ausbau der Abwasserentsorgung unternommen wurden, haben sich ausgezahlt – das Problem der organischen Belastungen unserer Gewässer aus sogenannten "punktuellen" Abwassereinleitungen kann grundsätzlich als gelöst gelten. Damit gewinnen zunehmend die sogenannten "diffusen" Belastungen an Bedeutung, besonders solche durch Pflanzennährstoffe (Phosphor- und Stickstoffverbindungen). Betroffen sind davon vor allem langsam fließende und stehende Gewässer, wie sie insbesondere im westlichen Niedersachsen zu finden sind. Die Gewässergute wird im Rahmen des Gewässerüberwachungssystems Niedersachsen (GÜN) regelmäßig kontrolliert.
Das Meer ist der größte und älteste Lebensraum der Erde. Größtenteils noch unerforscht, verbirgt sich hier eine fast unüberschaubare Vielfalt von Lebensformen und Lebensräumen. Auch die Nordsee trägt einen bedeutenden Teil zur biologischen Vielfalt Europas bei. Um dieses einmalige Ökosystem zu erhalten, steht der überwiegende Teil des Niedersächsischen Wattenmeeres seit 1986 als Nationalpark unter besonderem Schutz. Das Gebiet des Nationalparks "Niedersächsisches Wattenmeer" umfasst das zwischen Ems und Elbe liegende Wattenmeer, einschließlich der vorgelagerten ostfriesischen Inseln.
Um eine möglichst einheitliche europäische Wasserpolitik zu gewährleisten, hat die Europäische Union im Jahr 2000 die Wasserrahmenrichtlinie, kurz WRRL, in Kraft gesetzt. Ziel ist es, bis 2015 einen ökologisch "guten Zustand" der Gewässer Europas zu erreichen.
