Naturschutzgebiete können durch Verordnung ausgewiesen werden, wenn die Bereiche schutzbedürftigen Tier- und Pflanzenarten oder Lebensgemeinschaften eine Lebensstätte bieten oder künftig bieten sollen, Bedeutung für Wissenschaft, Natur- und Heimatkunde besitzen oder sich durch Seltenheit, besondere Eigenart, Vielfalt oder hervorragende Schönheit auszeichnen. Sie genießen einen vergleichsweise strengen Schutzstatus mit einem grundsätzlichen Veränderungsverbot. In den meisten Schutzgebieten sind zumindest auf Teilflächen Instandsetzungs - und Pflegemaßnahmen erforderlich, um die Schutzziele zu erreichen. Dazu sollen möglichst Pflege- und Entwicklungspläne aufgestellt werden, die die Schutzmaßnahmen festlegen und beschreiben. Basis hierfür ist eine detaillierte Bestandserfassung von Biotoptypen, ggf. auch Pflanzengesellschaften, sowie wertbestimmenden Tier- und Pflanzenarten.

Schätzungsweise die Hälfte der als Naturschutzgebiete ausgewiesenen Flächen sind aus landesweiter Sicht schutzwürdige Kernbereiche im Sinne der "Erfassung der für den Naturschutz wertvollen Bereiche" des Niedersächsischen Landesbetriebes für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN). Die übrigen Anteile der Naturschutzgebiete sind Pufferzonen und Entwicklungsflächen bzw. Biotope von lokaler bis regionaler Bedeutung, nicht selten aber auch Randflächen, die im Interesse einer klaren Abgrenzung einbezogen wurden. Für die Ausweisung der Naturschutzgebiete sowie für deren Pflege und Entwicklung sind die unteren Naturschutzbehörden zuständig. Naturschutzgebietsverfahren, die der Natura 2000-Umsetzung dienen, werden bis zum Ende des Jahres 2007 durch den Niedersächsischen Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küsten- und Naturschutz (NLWKN) geführt.